Como usuario root editar el fichero /etc/apache2/sites-available/default y sustituir

AllowOverride None 

por

AllowOverride All

Esto le indica a Apache que utilice las directivas que encuentre en los ficheros .htaccess de cada directorio.

En el directorio en el que se quiere denegar el listado de ficheros, crear un fichero .htaccess con el siguiente contenido (o añadirlo si ya existia el fichero):

Options -Indexes

Reiniciar el servidor apache (como root):

/etc/init.d/apache2 reload 

o restart si no funciona con reload